ユーザの会員登録直後は仮会員として登録され、管理者が管理画面上で本会員に変更することで、本会員として登録される、という操作が可能です。

システム設定＞パラメーター設定で次の２つをtrueに設定します。
CUSTOMER_CONFIRM_MAIL：true
REGULAR_MEMBER_CHANGE：true

ユーザが会員登録を完了すると、「仮会員状態」のメッセージが表示され、「仮会員」をお知らせするメールが自動配信されます。

管理画面の、会員管理＞会員マスター「検索結果一覧」で登録が完了した会員の「編集」をクリックします。

「本会員」をチェックして、登録します。

検索結果一覧に戻ると、メールアドレス欄に、
■本登録メール送信 が表示されるので、クリックします。

「OK」をクリックすると、ユーザに下記のメールが自動配信され、本会員に登録されたことをお知らせすることができます。

システム設定＞パラメーター設定
・CUSTOMER_CONFIRM_MAIL　値→true
・REGULAR_MEMBER_CHANGE　値→false
上記設定で運用する場合は、EC-CUBEデフォルトの状態となります。
つまり、会員登録直後に仮会員メールが送信され、ユーザがメール本文のURLをクリックすることで本会員となります。